Entremêlant reconstitutions, images scientifiques et interventions de plusieurs spécialistes, le documentaire met en scène la deuxième partie de la vie du célèbre mathématicien et astronome, pendant laquelle ses théories bousculèrent les conceptions de l'univers en usage au XVIIè siècle et lui valurent les foudres de l'Eglise de son temps.